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qpcr、WB内参选取你选对了吗

一、   何为内参?

 有一类基因被称为管家基因,其表达水平受环境因素影响较小,而且是在个体各个生长阶段的大多数,或几乎全部组织中持续表达,或变化很小。管家基因表达的蛋白质就是我们WB实验中所说的内参

 二、为何需要内参?

 在Western blot实验中,我们通常需要检测不同处理条件下的蛋白质含量变化,但由于实验条件等因素的影响,不同样品中蛋白质总量可能会存在差异,因此需要使用内参进行标准化。使用内参可以消除实验条件等因素的影响,从而准确地比较不同样品中待检测蛋白的含量变化。通俗地讲,假设我们检测到各组间目标蛋白的信号强度明显不同,可能是组间实际上就存在明显表达差异(“真像”),也可能是由于我们加载的蛋白总量不同,或者蛋白转移的效率不同等导致的“假象”。为了确保我们看到的条带趋势是“真像”,我们需要找到一种能够反映蛋白质总量的标准,也就是内参。我们将内参作为参照物,用目标蛋白信号强度除以内参信号强度,得到的结果就能更准确地反映出目标蛋白在不同样品中的表达水平。这就是为什么我们需要使用内参的原因。

 三、常用内参有哪些?

 1、总蛋白或者胞质蛋白内参(定位于细胞质)主要包括以下3类:

 β-actin(肌动蛋白):β-actin广泛存在于不同类型的细胞中,分子量约为42 kDa,主要位于细胞质中,是一种结构蛋白,参与细胞骨架的构建和细胞的运动等功能。

 GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶):GAPDH参与细胞糖酵解途径中的反应,分子量约为36 kDa,位于细胞质中,广泛存在于不同类型的细胞中。

 tubulin(微管蛋白):tubulin是微管蛋白家族中的一员,主要参与细胞骨架的构建,包括α和β两种亚型,α-tubulin和β-tubulin分子量分别为55kD和50kD,其实际检测条带均在55kD左右,位于细胞质中。

2、胞核蛋白内参(定位于细胞核)主要包括以下2类:

 Histone H3:是组蛋白家族的一员,主要存在于细胞核内,分子量约15 kD。

 Lamin (包括A和B)是一种胞核内骨架蛋白,与核膜结合,Lamin A的分子量约为74 kDa,Lamin B的分子量约为67 kDa。

 3、胞膜蛋白内参(定位于细胞膜):

 钠钾ATP酶(Na/K ATPase):在哺乳动物中,Na/K ATPase的α亚单位分子量为约110 kDa,β亚单位分子量为约33 kDa。

 4、细胞器内参

四、内参蛋白的选择策略

 1、内参选择的总体策略:

 首先,最重要的一条原则是,内参在样品中含量相对稳定,不受实验处理的影响,这样才能保证不同样本之间的比较是可靠的。

 其次,选择与待检测蛋白在生物学功能上无关的蛋白作为内参。

 最后,内参的分子量与目标蛋白质不同,易于区分。一般建议分子量相差5KD以上。

 2、内参选择的步骤:

 先通过权威的蛋白质数据库Uniprothttps://www.uniprot.org/) 查找目的蛋白的信息,包括细胞亚定位(用以选择提取总蛋白、膜蛋白、胞质蛋白、核蛋白还是细胞器蛋白),分子量(区分内参蛋白的分子量)。

 然后根据查到的信息,确定要提取的蛋白类型(总、膜、胞质、核还是细胞器),按以下建议选择内参:

1)     如果我们提取的是总蛋白或者胞质蛋白从β-actin、GAPDHtubulin中选择其中1种就够了。

2)     如果我们提取的是核蛋白(使用核蛋白抽提试剂盒),那么选择Histone H3Lamin两种之一即可。

3)     如果我们提取的是膜蛋白(使用膜蛋白抽提试剂盒),那么选择Na/K ATPase

4)     如果是分离线粒体后提取的蛋白,可以选择COX IV

 需要注意的是,某些病理生理状态下,有些管家基因的表达会受到明显干扰。比如:

GAPDH不宜作为糖代谢紊乱缺氧的状态下的样本的内参。

Lamin不宜用来做凋亡实验的内参。

Tubulin不宜作为经抗癌抗真菌药处理过的样本的内参。

Lamin B不宜作为胚胎干细胞的内参。

PCNA不宜作为非增殖细胞的内参等。

对于分泌性样本,如血浆、乳汁等,由于没有完整的细胞结构,应选择分泌蛋白作为内参比如Transferrin


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