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干货分享 | 琼脂糖核酸电泳,选择紫外还是蓝光?

我们先来了解一下琼脂糖核酸电泳的理论知识

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DNA分子是一种自身不会发出荧光的大分子,需要相应的核酸分子染料结合到DNA分子的大沟处,通过激发光激发DNA –核酸染料复合物,复合物会发出一束强荧光,通过相应的滤光片过滤得到单波长的发射光,通过照相机或者肉眼捕获就能够检测到相应的DNA分子。


从核酸电泳发展至今,绝大多数的分子生物学实验室选择溴化乙锭(EtBr,也简称EB)作为核酸分子染料,由于EB的光谱特性,又不得不选择紫外光作为激发光。EB分子因其分子量较小,容易透过细胞膜,因此是一种致癌性极强的有机小分子。而紫外光(UV)照射也会诱发基因突变,不仅会引发实验样品的基因突变,也会对实验人员造成一定的伤害。


为了解决EB分子的致癌问题,科研工作者通过有机合成技术将两个EB分子通过有机分子链连在了一起,解决了EB分子因分子量比较小容易通过细胞膜的问题,连在一起的分子被称为GelRed。这虽然解决了染料相对安全的问题,可激发光依然是UV,不能够从本质上解决对实验样品和实验操作者自身的安全问题。

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(注:302 nm为最大激发光波峰,在500 nm左右也有一波峰,但峰面积和高度比较小,相对302nm,灵敏度降低;发射光波峰位于610nm左右)


事实上,除了EB和GelRed这两种以UV为激发光的核酸分子染料,还存在另一类核酸分子染料,如:GelGreen、SYBR Green、SYBR Gold、LED Green、SYBR Safe、GoldView等以480nm蓝光为激发光的核酸染料,这类染料分子量相对较大,细胞膜通透性较差,因此对实验人员带来的危害较小,相对EB分子是一种较安全的核酸分子染料。

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(注:480 nm为最大激发光波峰,在350 nm左右也有一波峰,但峰面积和高度比较小,相对480nm,灵敏度降低;发射光波峰位于550 nm左右)


由于波长470nm蓝光属于可见光,不会对实验样品造成破坏,也不会对实验人员造成危害,因此470nm的蓝光搭配安全核酸分子染料能够最大程度降低核酸琼脂糖凝胶电泳带来的潜在危险。


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